解开不同大结局，决定因素在于主线任务夜曲OP.55N.1中的选择。在天台和强尼对话时，选择相信荒坂并服下阻断剂会触发恶魔大结局；选择给帕南求助则开始星星大结局；若选择和罗格一起去并让强尼主导行动，则会进入太阳大结局。隐藏大结局需要完成特定支线并在对话中等待五分钟不操作，最终独自突袭荒坂塔。

恶魔大结局中，小伙伴会和荒坂达成交易，但最终沦为企业的实验体或短暂存活后死亡。星星大结局则让小伙伴跟随流浪者离开夜之城，获取自在但生活所剩无几。太阳大结局下，小伙伴成为来生酒吧的新传奇，但灵魂全球已被强尼占据。隐藏大结局难度顶尖，需要独自击败重锤，最终选择将身体留给强尼或自己回归。

影响大结局的决定因素支线包括帕南的冲破风暴、罗格的插管和强尼的梦缠绕的时候。完成这些任务才能解开对应大结局选项。恶魔大结局还需救出竹村，否则无法获取奖杯。隐藏大结局标准小伙伴在强尼的墓地对话中选择讽刺性墓志铭，并在最终战前保持70%以上好感度。

最终战击败亚当·重锤后，奥特会提供两个选择：躺进井里回归自己身体，或走过桥将身体交给强尼。前者让小伙伴以剩余六个月生活继续冒险，后者则让强尼以小伙伴身份重生。节制大结局中，强尼会离开夜之城寻找新生活，而小伙伴的觉悟永远留在赛博空间。通关后体系会提示存档回到最终任务前，方便尝试其他大结局。不同大结局会解开特殊装备奖励，比如恶魔大结局的荒坂科技武器或星星大结局的流浪者唯一载具。记得在决定因素节点手动存档，避免重复刷任务。